即使上面所提到的主文件表MFT沒有出現碎片，碎片整理也是必不可少的，當磁盤上出現碎片時，訪問一個文件時就需要磁頭做更多的運動，延長了讀盤時間，極大地影響了系統性能，因此使磁盤上的碎片維持在一個較低的限度是提高NTFS卷的最重要因素，經常的運行碎片整理程序非常有必要。
四、壓縮功能
NTFS的壓縮功能可以對單個文件、整個文件夾或者NTFS卷上的整個目錄樹進行壓縮，此舉可以幫助我們節省一定的硬盤空間，但是使用壓縮功能將會引起NTFS卷的性能下降，原因是每次訪問被壓縮的文件時，都需要對其進行解壓，比如要拷貝一個壓縮文件，其過程是：先解壓縮，再進行拷貝，最後再進行壓縮，大大地增加了CPU的運行時間。因此建議在硬盤空間足夠大的情況下，盡量不要使用壓縮功能。
