Windows 98的注冊表主要由兩個文件組成：System. dat和User. dat。這兩個文件都是“系統”、“隱含”、“只讀”屬性。其中，System．dat保存有計算機的系統信息，如硬件設備配置和設備驅動程序的有關信息等。User．dat保存有用戶特征信息，如桌面設置、牆紙或窗口的顏色設置等。打開注冊表編輯器可以看到，在左邊窗格中，注冊表中的數據是以“主鍵”的方式一層一層組成的。如果這個鍵包含子鍵，則在它的左邊就會出現一個“+”號，用來表示在這個文件夾內還有其他內容。如果這個文件夾被用戶打開了，那麼“+”號就變為“一”號，這與Windows資源管理器的樹形結構是一樣的。
六個根鍵是：
1．HKEY—CLASSES ROOT;
2．HKEY—CURRENT—USER;
3.HKEY—LOCAL MACHINE;
4．HKEY—USERS，這裡記錄了本機器上所有用戶的設置，每個用戶都會有自己的主鍵，以保存個人的設置值，而如果這台計算機沒有啟動多用戶功能，則所有用戶會共用相同的設備，並且記錄在HKEY USERS＼De-fault主鍵裡；
5．HKEY—CURRENT CONFIG，包括字體、BIOS、操作系統、打印機等四項配置信息，該主鍵是HKEY LOCAL MACHINE＼Config＼001的副本；
6．HKEY DYN DATA，該主鍵保存的都是動態信息，它記錄的是當前內存的設置及使用情況，一些系統監視程序就是從這裡檢索信息從而對當前的狀況做出報告的，另外．此主鍵中的數據是只讀狀態，不允許用戶改變。Windows Me/2000/XP的注冊表與Windows 98類似。
