五、COMMAND.COM
COMMAND.COM是WINDOWS 9X中的DOS外殼程序(SHELL)，較DOS 6.22僅增加了部分內部命令，沒有更新的東西。
IO.SYS對COMMAND.COM的處理則有了根本改變，當WIN 9X在CONFIG.SYS中加載EMM386.EXE驅動提供UMB時，COMMAND.COM的常駐部分裝入HMA，暫駐部分裝入UMB中(在DOS6.22中，COMMAND.COM只能將常駐部分裝入HMA)，這將為DOS程序提供更大的常規內存，也不需要反復從磁盤中恢復暫駐部分，有效地提高了系統性能。當然，如果沒有加載EMM386.EXE，系統不提供UMB，COMMAND.COM的暫駐部分就只能象DOS6.22那樣置於常規內存的高端。
六、CONFIG.SYS和AUTOEXEC.BAT
WIN 9X中的CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的作用與DOS的一樣，用於裝配所有DOS實模式的驅動程序和應用程序，或者修改IO.SYS的默認配置。其中，CONFIG.SYS主要用於硬件配置，AUTOEXEC.BAT主要用於軟件配置，其在啟動過程中的使用參見IO.SYS一節。
WIN 9X啟動後，這兩個文件的配置作為全局設置始終保留在系統底層，決定著WIN 9X下所有的DOS、WIN 16應用環境。如果沒有DOS全局設置，WINDOWS窗口下的DOS應用程序將使用WIN 9X的默認設置，當然也可由用戶單獨配置。注意，DOS軟件需要的PATH、SET等環境設置可在各自窗口的屬性中單獨設置；16位的WIN 3.X軟件需要的PATH、SET等環境設置只能在AUTOEXEC.BAT中設置。
WIN 9X新增了不少配置命令，使實模式DOS環境更便於優化，各配置命令參見系統目錄WINDOWS下的CONFIG.TXT說明，這裡不再多說。 WIN 9X通過VXD(虛擬設備驅動)、DLL(動態鏈接庫)等保護模式驅動程序統一管理和使用系統軟、硬件資源，基本上不需要實模式程序支持。實模式程序主要是為支持一些老設備而保留的。實模式程序的存在使WIN 9X必須在保護模式和實模式之間頻繁地轉換，大大降低了系統性能，更損害了系統穩定性，所以應盡量避免在啟動時裝載實模式程序。
WIN 9X對DOS環境的缺省設置能滿足大多數DOS軟件需要，在完成WIN 9X安裝後試著刪除這兩個文件中的內容非常必要。刪除其中的實模式程序，盡量實現WIN 9X的保護模式驅動，可使WIN 9X處於高性能、高穩定性的優化運行狀態。
沒有CONFIG.SYS、AUTOEXEC.BAT的DOS系統幾乎一無所能，而沒有它們的WIN 9X性能也許更好。在WIN 9X中它們主要是為支持原DOS軟件和古老的設備而保留的。目前多數報章建議完全刪除這兩個文件，這其實很有問題，具體分析參見《電腦界·電腦高手》'99年10月號。
七、WIN.COM
WIN.COM是WINDOWS的GUI啟動命令，從文件名可以看出這是一個純粹的DOS命令，它也是GUI系統中唯一的COM文件。該命令是DOS和GUI的接口命令，主要用來加載保護模式的虛擬設備驅動程序VMM32.VXD(該程序是由多個子程序組合而成的，使CPU運行於保護模式下)，同時處理GUI啟動中的各種問題，它控制著系統的整個調入過程。
WIN.COM提供的各類啟動開關，主要用於確定系統故障，會使系統性能降低：WIN [/D: [F][M][S][V][X]]
/D 當WINDOWS不能正常啟動時用於查找故障原因
:F 關閉32位磁盤存取模式，用於不支持32位存取的硬盤
等價於在SYSTEM.INI的[386ENH]節中設定: 32BitDiskAccess=FALSE.
:M 安全模式啟動，等價於使用功能鍵F5啟動
:N 帶實模式網絡支持的安全模式啟動，等價於使用功能鍵F6啟動
:S 禁止Windows使用在F000:0000與1 MB之間的ROM地址空間做為斷點等價於在SYSTEM.INI的[386ENH]節中設定: SystemROMBreakPoint=FALSE.
:V 指定啟動時由ROM例程處理硬盤控制器中斷等價於在SYSTEM.INI的[386ENH]節中設定: VirtualHDIRQ=FALSE.
:X 禁止WINDOWS使用所有高端內存(從A000-FFFF)，解決內存沖突問題等價於在SYSTEM.INI的[386ENH]節中設定: EMMExclude=A000-FFFF.
